Se alza la Iglesia de Santiago Apóstol en el Barrio más antiguo de Guadalajara, lugar donde tuvieron su sede la judería, más tarde el mundo árabe y finalmente el cristiano. Allí se establecieron en el s. XIII un grupo numeroso de jóvenes religiosas clarisas, hasta el s. XIX, y por esto es denominado, en el argot popular, Santa Clara. La imagen de la santa, que se encuentra en el portada principal de la Iglesia, ahora denominada de Santiago Apóstol. Una vez que la que tenía esa denominación, junto al Palacio del Infantado, dejó de existir.
En época más tranquila su Párroco D. Teodoro del Álamo, junto con un grupo de buenos feligreses de Acción Católica, deciden en el año 1945 encargar una imagen de "Cristo con la Cruz a Cuestas".
Al año siguiente D. Jacinto Higueras, reconocido imaginero jienense, hacía entrega de la imagen de Nuestro Padre Jesús de la Pasión. Como el objeto era procesionar por las calles de nuestra ciudad, en 1946 se decide erigir canónicamente la Cofradía de la Pasión del Señor. Pensando en la adquisición de nuevas imágenes con el fin de representar toda la Pasión de Cristo.
Ya desde el primer momento, la hora de salida del templo parroquial será las once de la noche del Jueves Santo cuando la Cofradía comienza la estación de penitencia por las calles de la ciudad .
Es significativo un dato histórico, es la primera Cofradía fundada tras la
Guerra Civil Española, y también la pionera en su desfile de hacerlo a cara descubierta.
En 1959 se adquiere la segunda de las imágenes: Nuestra Señora la Virgen de la Piedad. Escultura, igualmente monumental, en sus dimensiones, de madera policromada de una sola pieza, obra del taller valenciano Royo-Rabasa, a la que se adscribe un subgrupo dentro de la Cofradía, formado por mujeres que se harían llamar "Esclavas de la Piedad".
Debido a la llegada de gente joven a la Cofradía, en el año 1990 se incorpora a las procesiones El Cristo de la Agonía, que se encuentra en el Santuario de Nuestra Patrona de la Antigua, cambiándose en 1992 por el Cristo de la Expiración, que se venera con gran devoción en la capilla del Cementerio Municipal de Guadalajara. Es una talla del siglo XVII. Ha sido durante muchos años la talla más antigua de Guadalajara. En la actualidad, desde el arreglo por Bellas Artes, de la Iglesia de Santiago, preside el altar mayor, un crucifijo procedente del Museo Diocesano, del s. XVI. La imagen de nuestro Señor de la Expiración es portada a hombros por hermanos de la Cofradía de la Pasión, ya desde el año 1992 y escoltada por el grupo de tambores de la misma, Y la traen con solemnidad, cada tarde del Domingo de Ramos al templo Parroquial..
En el año 1995, aquellos primeros cargadores del Cristo de la Expiración, deciden cargar a hombros al titular de la Cofradía: Nuestro Padre Jesús de la Pasión. Así a golpe de varal cuarenta hombres lo vienen portando en su trono el Jueves y el Viernes Santo, no por ello dejando de hacerlo con el Cristo de la Expiración.
Este impulso da lugar a que en el año 1997 en la propia Cofradía, se constituya el primer grupo de cargadoras portando también en sus hombros a Nuestra Señora de la Piedad. Desde entonces procesionan las tres Imágenes junto al grupo de tambores propio, que acompaña a las mismas. Esas grandes esculturas son portadas con entusiasmo en sus Estaciones de Penitencia representando la Pasión de Cristo, en dos días consecutivos.
A pesar de una cierta decadencia que ha podido existir en determinados momentos en la Semana Santa de Guadalajara, la Cofradía de la Pasión del Señor, año tras año ha podido ir aumentando el número de hermanos, aproximándose a los 800 miembros. Ello lleva a pensar que fuera de la Semana Santa se programen otros actos culturales, formativos y sociales. Entre ellos destaca la realización en la calle Mayor de la Alfombra para la procesión del Corpus Christi, la celebración de la Cruz de Mayo y la Procesión del 25 de julio, Santiago Apóstol, Patrón de la Sede Canónica de la Cofradía.
